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인기 추리 게임 '상금 탐정'의 랭커였던 주인공은 어느 날 정신을 차려보니 '명탐정 코난'의 세계에 와 있었다. 그는 자신이 검은 조직에 의해 살해당한 '미타라이 쿄스케(御手洗恭介)'라는 인물의 몸에 들어왔다는 사실을 깨닫는다. 혼란 속에서 그는 사건을 해결하면 보상을 주는 게임 시스템이 자신에게 적용된다는 것을 발견하고, '아케치 타카토(明智高远)'라는 새로운 이름으로 탐정 활동을 시작한다. 주인공의 목표는 단 하나, 바로 '에도가와 코난'에게서 최대한 멀리 떨어지는 것이다. 그는 코난이 나타나는 곳마다 사건의 난이도와 위험성이